Šiuo metu vykdomi tarptautiniai projektai
Nuo 2012 m. Lietuvos istorijos institutas dalyvauja tarptautiniame moksliniame projekte „Antrasis pasaulinis karas – kasdienis gyvenimas po vokiečių okupacija“ (“World War II – Everyday Life Under German Occupation. Der Zweite Weltkrieg – Alltagsleben unter deutscher Besatzung”) (projektą koordinuoja Herderio institutas Marburge (Vokietija)).
LII dalyvauja tarptautinio mokslinių institucijų tinklo NISE (National movements and intermediary structurs in Europe (Tautiniai judėjimai ir tarpinės struktūros Europoje)) veikloje. 2014 m. rugsėjo mėn. Vilniuje įvyks šio tinklo narių susirinkimas bei tarptautinė konferencija.
LII mokslininkai dalyvauja Šiaurės rytų instituto (Vokietija) projekte „Pabaltijys. Vieno Europos regiono istorija“ (suplanuotas 3 tomų veikalo išleidimas).
LII kaip partneris dalyvauja įgyvendinant Ostbalticum projektą. Kartu su Varšuvos valstybiniu archeologiniu muziejumi rengiamas tęstinio leidinio „Aestiorum hereditas“ III tomas, skirtas Mykolo Brenšteino rankraščio „Kauno gubernijos archeologinis inventorius” publikavimui (LII šį projektą koordinuoja R. Banytė-Rowell).