Instituto administraciją sudaro direktorius, direktoriaus pavaduotojas mokslo reikalams, direktoriaus pavaduotojas užsienio reikalams, direktoriaus pavaduotojas administracijos ir ūkio reikalams, mokslinis sekretorius, sekretorė-referentė, personalo inspektorė, padalinių (skyrių) vadovai, vyriausiasis buhalteris.
Alvydas Nikžentaitis | Direktorius (+370 5) 261 44 36
Saulius Grybkauskas | Direktoriaus pavaduotojas mokslo reikalams (+370 5) 212 01 07
Aurimas Švedas | Direktoriaus pavaduotojas ryšiams su užsieniu ir komunikacija (+370) 672 97 084
Saulė Urbanavičienė | Mokslinė sekretorė (+370 5) 262 38 29
Laima Olevsonienė | Sekretorė-referentė, personalo inspektorė (+370 5) 261 44 36
L.e.p. specialistė-vyriausioji buhalterė Rita Saulienė (+370 5) 261 21 66
Mindaugas Maskoliūnas | Leidybos grupės vedėjas (+370 5) 212 44 38
Ugnė Baronienė | Bibliotekos vedėja (+370 5)262 68 59
Robertas Jurgaitis | Archeografijos skyriaus vedėjas (+370 5) 262 68 48)
Vitalija Stravinskienė | XX a. istorijos skyriaus vedėja (+370 5) 262 68 43
Laurynas Kurila | Archeologijos skyriaus vedėjas (+370 5) 261 49 35
Virgilijus Pugačiauskas | XIX a. istorijos skyriaus vedėjas (+370 5) 262 68 56
Saulius Sarcevičius | Miestų tyrimo skyriaus vedėjas (+370 5) 261 29 18)
Vida Savoniakaitė | Etnologijos ir antropologijos skyriaus vedėja (+370 5) 262 94 10
Gintautas Sliesoriūnas | Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės istorijos skyriaus vedėjas (+370 5) 261 72 73
