Institute vykdomos ilgalaikės mokslinės programos:

1. XIX amžiaus sociokultūrinis laukas: visuomenės grupės, asmenybės, institucijos (2017-2021, bendra Lietuvos istorijos instituto ir Lietuvos kultūros tyrimo instituto programa) (habil. dr. T. Bairašauskaitė)
2. Lietuvos Didžioji Kunigaikštystė: valdžia, luomas, individas (XIV–XVIII a. istorijos slinktys (2017-2021) (dr. R. Šmigelskytė-Stukienė)
3. Lietuvos Metrikos ir kitų Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės istorijos šaltinių tyrimas (2017-2021) (dr. A. Dubonis)
4. Tūkstantmečiai iki valstybės. Priešistorinių bendruomenių daugiasluoksniai tyrimai (2017-2021) (dr. L. Kurila)
5. Vėluojanti tauta – 2: Lietuvių modernizacijos problemos (2017-2021) (dr. Č. Laurinavičius

Kitos programos:

1. Pagalbiniai istorijos mokslai (2014 – 2019) (dr.R. Čapaitė)
2. Vilniaus istorija. Sintezė (2017 – 2021) (dr.G.Sliesoriūnas)
3. Laisvalaikis, šventės ir ritualai Vilniaus apylinkėse. Socialiniai ir kultūriniai aspektai (2017 – 2021) (dr.Ž.Šaknys)
4. Etniškumo ir nacionalumo pažinimas (2017 – 2021) (dr.V.Savoniakaitė)

Įvykdytos programos:

• Lietuvos Metrikos ir kitų istorijos šaltinių tyrimas ir publikavimas (2012–2016) (dr. A. Dubonis)
• Vėluojantis nacijos formavimasis: lietuvių atvejis? (2012–2016) (dr. Č. Laurinavičius)
• Vilniaus istorija. Tyrimai (2012–2016) (dr. Z. Medišauskienė)
• Visuomenės struktūros, socialinė sąveika ir jos poveikis valstybės raidai (naujieji laikai) (2012–2016) (habil. dr. T. Bairašauskaitė)
• Socialinė sąveika ir kultūrinė raiška mieste: laisvalaikis, šventės ir ritualai (2012–2016) (dr. Ž. Šaknys)
• Priešistorinės ekonomikos ir technologijų tyrimai (2012–2016) (dr. V. Juodagalvis)
• Geležies amžiaus bendruomenės. teritoriniai, socialiniai ir ideologiniai ryšiai (2012–2016) (dr. A. Strimaitienė)
• „Savas“ ir „kitas“ Lietuvoje: socialinės struktūros, kultūra, tapatybė (2012–2016) (dr. Vida Savoniakaitė)
• Atminties kultūra Lietuvoje. D. 1 (2009-2013 m. ) (habil. dr. A. Nikžentaitis)
• Lietuvių etninės kultūros atlasas. Papročiai. D. 2. (2007–2011) (doc. dr. Ž. Šaknys)
• Tapatybė erdvėje ir laike: lokalios bendruomenės (2007-2011) (dr. V. Savoniakaitė)
• Pagalbiniai istorijos mokslai (tęstinė, 2007-2011) (doc. dr. E. Rimša)
• Lietuva Europoje: kultūrinės sąveikos archeologiniais duomenimis (2007-2011) (doc. dr. V. Šimėnas)
• Lietuvos krikščioniškoji dvasininkija ir 1863 m. sukilimas (2004-2008) (habil. dr. A. Prašmantaitė)
• Lietuvos miestų socialinė topografija XIV-XX a. D. 1. (2004-2008) (dr. G. Vaitkevičius)
• Pagalbiniai istorijos mokslai (2002-2006) (dr. E. Rimša)
• Kultūrinių ir socialinių procesų dinamika: etnografinis ir etnologinis tyrimas (2002-2006) (dr. A. Čepaitienė)
• Lietuvių etninės kultūros atlasas. Papročiai. D. 1. (2002-2006) (dr. Ž. Šaknys)
• Centras – periferija: kultūrinių įtakų kryptys (2002-2006) (dr. G. Zabiela)
• Regioniniai baltų kultūros modeliai: procesų dinamika vėlyvajame geležies amžiuje (2002-2006) (dr. I. Vaškevičiūtė)
• Lietuva Antrajame pasauliniame kare. (2001-2010) (dr. Č. Laurinavičius)
• Lietuvos Metrikos ir kitų istorijos šaltinių tyrimas ir leidyba (2001-2010) (dr. A. Dubonis)
• Lietuvos visuomenės modernizacija ir etniniai konfliktai (Nedominuojančios etninės bendruomenės Lietuvoje XIX a. – XX a. pirma pusė. Iki 1940 m.) (2001-2010 m.) (dr. V. Sirutavičius)
• Lietuvos istorija (2001–2011) (doc. dr. J. Kiaupienė)
• Akmens ir žalvario amžiai Lietuvoje (1999-2008) (habil. dr. A. Girininkas)
• Lietuvos istoriografijos paminklai D. 1. (1998-2009) (habil. dr. I. Lukšaitė)