Instituto misija – plėtojant fundamentinius ir taikomuosius tyrimus, tirti lietuvių tautos, Lietuvos visuomenės, jos kultūros, ūkio, valstybingumo raidą, kaupti, sisteminti ir skleisti dokumentinį ir nematerialųjį istorinį paveldą; savo tyrimų rezultatais prisidėti prie pilietinės visuomenės kūrimo, visuomenės istorinės kultūros ir kritinio diskurso formavimo, kultūrinės tapatybės išsaugojimo, kartu su universitetais rengti istorijos ir etnologijos tyrėjus, formuoti Lietuvos istorijos ir etnologijos mokslų strategiją, aktyviai dalyvauti kuriant žinių visuomenę, plėsti ryšius su tarptautine tyrimų erdve.
